W latach 1402-3 został pierwszym czeskim rektorem uniwersytetu. Z polecenia arcybiskupa zajmował się także badaniem zgłoszonych przypadków cudów. Wkrótce stwierdził, że były one mistyfikacją. Oburzał go również naganny tryb życia, rozwiązłość i chciwość większości duchownych. W tym czasie zaznajomił się z pismami Johna Wycliffa (Jana Wiklefa), które pojawiły się w Czechach po roku 1382 - kiedy to angielski król Ryszard II poślubił Annę Czeską, zwaną też Węgierską. Idee Wiklefa oraz własne obserwacje doprowadziły Husa do wniosku, że chrześcijanin nie powinien szukać wiary w cudach, lecz tylko w Biblii. Jednocześnie Hus rozpoczął tłumaczenie dzieł Wiklefa na język czeski.

Szczególnie przemawiał do niego postulat Wiklefa o ograniczeniu bogactwa duchowieństwa, ponieważ był to poważny problem w Czechach, gdzie aż połowa ziemi należała do Kościoła. Hus uważał za niesprawiedliwość rozrzutny i hulaszczy tryb życia dostojników kościelnych, utrzymujących się z wyjątkowo wysokich podatków nałożonych głównie na rolników. Przeciwny był także wewnętrznemu rozpadowi Kościoła, skompromitowanego przez walki kolejnych papieży i antypapieży. Już wcześniej były w Czechach podejmowane próby zaradzenia tej sytuacji (Karol IV, Jan Milicz z Kromieryża), jednak nie udały się. Wygłaszana przez Husa krytyka cudów oraz domaganie się zdyscyplinowania kleru, spowodowały, że większość czeskich duchownych stała się jego wrogami.